На Зидан му е изречена казна забрана за извршување тренерска функција во рок од три месеци затоа што водел тим без потребна документација и негова лична квалификација.Тој ваква функција има во вториот тим на Реал Мадрид а со слична казна се соочува и неговиот помошник Сантиаго Санчез.
Од клубот излегоа со изјава за казната во која велат дека ја осудуваат ваквата постапка на шпанската федерација и најавуваат борба по ова прашање.Тие велат дека Зидан имал лиценца издадена од Француската фудбалска федерација со која може без никакви проблеми да се води тимот Реал Мадрид Кастиља.
Зидан беше поставен на позицијата заменик тренер на првиот тим со Карло Анчелоти, функција која заврши со освојувањето на Лигата на Шампиони.Тој помина пет години во Реал како играч за врска по трансферот од Јувентус за тогаш рекордни 45,8 мил фунти. Зидан постигна гол во финалето од Лига Шампиони во 2003 против Баер Леверкузен, а таа година беше прогласен и за најдобар играч на светот по трет пат (претходно во 1998 и 2000). Неговата кариера не заврши најмирно, го удри со глава во градите Матераци на финалето на Светското Првенство во 2006. тој работеше и како советник на Флорентино Перез пред да биде назначен за спортски директор на клубот во 2011.