Иако првата пливачка трка која била иницијална за подоцнежното воспоставување на она што денес е познато како Охридски пливачки маратон, била одржана во 1954 година, на релација Горица-Охрид, со должина од 2,5 километри (победник бил Нико Нестор), првиот вистински пливачки маратон во водите на Охридското Езеро е одржан на 5 август, 1962 година.
Првиот вистински охридски пливачки маратон се одржал во 1962 година на патеката Пештани – Струга – Охрид во должина од 36 км и победил Абу Хеиф од Египет, втор бил Вилјам де Вренг од Холандија, а трет Дики Бојаџи од Македонија.
Во женска конкуренција победи славната македонска пливачка Атина Бојаџи од Македонија, сестра на Дики Бојаџи. Маратонот продолжил да се одржува до 1966 г. (со исклучок на 1963 г. поради Скопскиот земјотрес), a од 1992 г. се одржува секоја година на патеката „Климе Савин“.
Од 1998 г. натпреварувањето е дел од програмата на Меѓународната пливачка федерација (ФИНА). Во 2008 г. маратонот е одбележан со голема прослава.
Натпреварувачот со најмногу победи кај мажите (11 од 20 учества) е бугарскиот пливач Петар Стојчев, а кај жените 4-кратната победничка од кои 3 последователни победи – Едит ван Дајк од Холандија.
По традиција наградите на победниците им ги доделува претседателот на Република Македонија, кој воедно е и покровител на маратонот.